Sa vocation de mangaka s'est manifestée dès l'école primaire.
Au début, cela était beaucoup dû à sa grande sœur, voulant elle-même devenir mangaka.
Elle commence sa carrière en 1991 dans le magazine Hana to yume avec Sickly Boy wa Hi ni Yowai.
Après plusieurs histoires courtes comme Born Free, elle publie ses premières séries comme Geneimuso en 1994 et Tsubasa wo motsu mono (Ceux qui ont des ailes) en 1995.

C'est en 1999 qu'elle commence son œuvre majeure, Fruits Basket, qui connait un grand succès et se voit même adapté en anime en 2001.
La même année, elle reçoit pour ce manga le prix Kōdansha catégorie shōjo, bien qu'il ne soit pas édité par Kōdansha, chose rare pour ce prix.
Fruits Basket sera réadapté une seconde fois en animé et sortira en Avril 2019.

En 1999, elle publie aussi un one-shot nommé Boku ga utau to, kimi ha warau kara.
En 2007, elle commence à faire paraître Twinkle stars (Hoshi wa utau) dans le célèbre magazine Hana to yume.

Dans le manga Fruits Basket, elle laisse de nombreuses notes où elle parle, outre de son travail de mangaka, de sa passion pour les jeux vidéo RPG sur PlayStation 2 notamment : Sakura Taisen, Persona, Final Fantasy, etc.
Elle apprécie les mangaka Saki Hiwatari et Rumiko Takahashi.
D'ailleurs, on peut également ajouter que Natsuki Takaya est gauchère et qu'elle eut des problèmes à la main gauche ce qui l'a amené à se faire opérer pendant la réalisation de Fruits Basket.

• 1991 : Sickly boy wa hi ni Yowai


• 1992 : Born Free


• 1992 : Knockin' on the wall, publiée dans le premier tome de Ceux qui ont des ailes


• 1993 : Voice of mine, publiée dans le recueil Accords parfaits


• 1994 : Double Flowers, publiée dans le recueil Accords parfaits


• 1994 - 1997 : Démons et chimères (幻影夢想, Geneimusô), 5 volumes.


• 1995 : Midori no Saidan


• 1995 - 1998 : Ceux qui ont des ailes (翼を持つ者, Tsubasa o motsu mono), en 6 volumes.


• 1998 : Hankuko Hime, one-shot


• 1998 : Accords parfaits (僕が唄うと君は笑うから, Boku ga utau to, kimi wa warau kara, litt. « parce que tu souris si je chante »), one-shot


• 1998 - 2006 : Fruits Basket (フルーツバスケット, furūtsu basuketto), en 23 volumes.


• 2007 - 2011 : Twinkle stars (星は歌う, Hoshi wa utau), en 11 volumes.


• 2011 - en cours : Liselotte et la forêt des sorcières (リーゼロッテと魔女の森, Liselotte to Majo no Mori)


• 2015 - 2019 : Fruits Basket Another,suite de Fruits Basket dans le lycée Kaibara des années après.