La terre au commencement était vide et « comme une méduse dans la mer ».
Les dieux primitifs ont donné naissance à deux divinités, une divinité masculine Izanagi et une divinité féminine Izanami pour les charger de créer la première terre. Pour les aider, ils leur ont donné une lance décorée de pierres précieuses appelée, Ame no nuhoko (天沼矛, la « Lance Céleste »).

Les deux divinités se placèrent sur le pont entre ciel et terre, Ame no ukihashi (天浮橋, le « Pont Flottant du Ciel ») et brassèrent la mer avec la lance. Quand des gouttes d'eau salée tombèrent de la lance, elles formèrent une île Onogoro (se forme elle-même). Ils descendirent du pont céleste et s'établirent sur cette île.

Finalement, ils désirèrent former un couple, aussi ont-ils construit une colonne appelée Ame no mihashira (天御柱, l'« Auguste Pilier Céleste ») et tout autour un palais appelé Yahirodono (八尋殿, la « Pièce des Huit Pas »).

Izanagi et Izanami dessinaient des cercles dans des directions opposées autour de la colonne et quand ils se rencontraient, Izanami exprimait la première les salutations. Izanagi pensait que ce n'était pas la bonne chose à faire mais ils s'unirent cependant. Ils eurent deux enfants, Hiruko (l'enfant de l'eau) et Awashima no kami (淡島神, kami de l'île des bulles) mais ils étaient malformés et ne furent pas considérés comme des dieux.

Ils les mirent dans un bateau et les abandonnèrent sur la mer puis ils demandèrent aux autres dieux pourquoi ils n'avaient pas eu de réussite. Ils leur dirent que la divinité masculine devait faire les salutations en premier lors de la cérémonie du mariage.

Aussi Izanagi et Izanami retournèrent-ils autour de la colonne et cette fois, Izanagi parla le premier lors de leur rencontre et leur mariage fut un succès. De leur union naquirent les ooyashima (大八洲), ou les huit grandes îles de la chaîne japonaise :

Awaji
Iyo (plus tard Shikoku)
Ogi
Tsukushi (plus tard Kyūshū)
Iki
Tsushima
Sadogashima
Yamato (plus tard Honshū)
Hokkaidō, Chishima et Okinawa ne sont pas des régions du Japon d'autrefois.

Ils ont donné naissance à six autres îles et de nombreuses divinités. Izanami est morte en donnant naissance à Kagutsuchi (ou Ho-Masubi, incarnation du feu). Elle fut enterrée au mont Hiba, à la frontière des anciennes provinces d'Izumo et de Hōki, aujourd'hui près de Yasugi (préfecture de Shimane).

À la mort de sa femme, Izanagi fut si furieux qu'il tua le nouveau-né provoquant la création de douzaines de divinités.

Izanagi se lamentait sur la mort d'Izanami et il entreprit un voyage à Yomi (la sombre terre de la mort). Il chercha Izanami et la trouva rapidement. Izanagi ne pouvait pas la voir car les ombres la cachaient bien. Néanmoins, il lui demanda de revenir avec lui. Izanami l'informa qu'il était trop tard. Elle avait déjà mangé la nourriture de Yomi et appartenait maintenant à la terre de la mort. Elle ne pouvait pas revenir à la vie.

Izanagi fut scandalisé et refusa d'accéder à son souhait d'être laissée dans les bras de la sombre Yomi. Pendant qu'Izanami dormait, il prit le peigne qui retenait sa chevelure et l'alluma comme une torche. Sous la soudaine lumière, il vit l'horrible forme prise par sa belle et gracieuse Izanami. Son corps n'était plus que chair avariée où couraient des asticots et autres créatures répugnantes.

Poussant un cri, Izanagi ne put contenir sa peur et s'enfuit, ne songeant qu'à revenir dans le monde des vivants en abandonnant sa femme morte. Izanami se réveilla en hurlant, indignée, et se mit à le poursuivre. Sur son ordre, de sauvages shikome (醜女, des femmes répugnantes) le prirent en chasse pour le ramener.

Izanagi sortit précipitamment et poussa rapidement un rocher à l'entrée de la caverne qui était l'entrée de Yomi. Izanami poussa des cris perçants derrière cette barrière infranchissable et lui dit que s'il la laissait, elle détruirait mille êtres vivants par jour. Il répondit furieux qu'il donnerait la vie à mille cinq cents.

Ainsi naquit le cycle de la vie et de la mort...

Izanagi se purifia et de l'eau lavant ses plaies sortiront d'autres kami, dont :

Tsukiyomi, kami de la lune, de son œil droit ;
Amaterasu, kami du soleil, de son œil gauche ;
et Susanoo, kami des tempêtes, de son nez.

Ainsi, le bain d'Izanagi est considéré dans le shintoïsme comme la fondation du harae, une des pratiques de purification les plus importantes.