En 2034… Hiiro Sasaki est sur le chemin du lycée lorsque son bus de ramassage scolaire est attaqué par une fille aux yeux rouges. Quand Hiiro reprend ses esprits, il réalise qu’il se trouve en plein Tôkyô.
L’accès à la ville est pourtant interdit depuis dix ans, à la suite d’une contamination fulgurante causée par un virus dévastateur. Des garçons et des filles aux caractéristiques particulières se retrouvent désormais dans la ville…
Hiiro apprend qu’une redoutable « malveillance » est gravée à l’intérieur de son corps !