Dans le monde futuriste de Tetra Heaven, qui vient de connaître une longue guerre, les dieux qui ont perdu la guerre cherchent à trouver refuge dans Septpia, le monde des humains, qu'ils envahissent. Pour contrer cette menace, il y a les "Logicalists" agents d'une société spéciale de la police chargée de protéger la population des menaces extraterrestres. Ces derniers, selon leurs capacités, peuvent fusionner avec des divinités pour tenter de l'emporter sur leurs ennemis. Yoshichika Tsurugi, le héros de l'histoire, est un jeune homme ordinaire qui va fusionner avec la déesse Athena pour se battre.