Dans un lointain futur, l’humanité navigue aux confins de l’espace depuis 1000 ans. Mais à nouvelles frontières, nouvel ennemi ! Les redoutables Gaunas, de très loin supérieurs à l’humanité, ont détruit la Terre et poursuivent les survivants sans relâche. Les hommes, réfugiés dans de gigantesques navires spatiaux, mettent au point une arme révolutionnaire, les Sentinelles, pour tenter de faire face à la menace. Tanikaze Nagate, est né dans les entrailles du Sidonia, l’un de ces navires. Il est alors recruté pour piloter une Sentinelle.