Il y a 100 ans de cela, une forme de vie étrange a été découverte. Une organisation secrète a alors découvert qu’en introduisant ces formes de vie dans le corps de jeunes filles, cela leur donnait différents types de pouvoirs à l’adolescence. Pour les contrôler et les obliger à obéir, ils ont mis sur elles plusieurs types de sécurité. Elles doivent entre autre prendre une pilule toutes les 24 heures, sans quoi elles meurent après une longue agonie. Un groupe de jeunes filles, considérées comme trop faibles et destinées à être éliminées, réussit à s’enfuir.
Murakami, lycéen de 16 ans, passionné d’astrologie depuis la mort de sa meilleure amie, voit sa vie bouleversée le jour où arrive une nouvelle élève. Même si Kuroneko ressemble à s’y méprendre à son amie défunte, elle est relativement différente de cette dernière. En tentant d’en savoir plus sur elle, Murakami découvrira son terrible secret et fera tout pour l’aider, quitte à affronter une organisation au-dessus de toutes les lois.