The Boys se situe dans un monde contemporain parallèle au nôtre, dans lequel les super-héros existent.

Les super-héros (familièrement appelés les "super") sont tous employés par Vought-American qui les utilise comme des outils marketing, notamment via des bande dessinées ou des films vantant leurs exploits imaginaires.
Dans la réalité, la plupart sont des individus corrompus et irresponsables — voire pour certains de véritables criminels — qui ne se soucient en rien de rendre la justice, méprisent les humains normaux, abusent de leurs pouvoirs comme de leur statut de célébrités, et sont moins des protecteurs de l'humanité que des dangers publics.
Les Sept sont la principale équipe de super-héros et constituent le produit-phare de la société Vought-American. La multinationale vise à militariser les super-pouvoirs et à devenir ainsi le principal contractant de défense du Pentagone.

La CIA se méfie cependant des super-héros et engage Billy Butcher, un aventurier anglais cynique et violent dont l'épouse est morte après avoir été violée par un « super », pour former une équipe spéciale dont les membres sont eux-mêmes dotés de super-pouvoirs grâce au sérum. Billy et ses acolytes (surnommés les Boys, traduit en français par les P'tits Gars) sont chargés de surveiller les activités des super-héros et, si nécessaire, de neutraliser ces derniers.

Hughie, un jeune écossais naïf, dont la petite amie a été tuée accidentellement par l'un des Sept, est recruté par Billy Butcher pour rejoindre son équipe. Il découvre ensuite la réalité, souvent sordide, qui se cache derrière les activités publiques des super-héros.
La série a comme principaux fils conducteurs les diverses enquêtes menées par l'équipe de Billy, les complots de Vought-American, la tension entre les P'tits Gars et les Sept, mais aussi l'histoire d'amour entre Hughie et Stella, une jeune super-héroïne récemment recrutée par les Sept.