Rintaro Okabe est un étudiant à l'imagination débridée.
Savant fou autoproclamé, il passe ses journées avec deux de ses amis à inventer des objets farfelus dans son "Laboratoire des gadgets futuristes".
Lorsqu'ils branchent un téléphone portable sur un micro-ondes, ils découvrent avec stupeur qu'ils ont la possibilité d'envoyer des messages dans le passé !
Ce grand pouvoir implique une responsabilité colossale, mais qui peut prédire ce qu'en feront ces trois otaku ?