Dans la quatrième préfecture de Tokyo, sur Mars, se trouve la zone économique spéciale de la ville de Kirishina. Grandement renommée pour son industrie aéronautique, il s'agit du siège de la Kirishina Corporation. Cette entreprise possède également un lycée scientifique et technologique privé au sein de celui-ci se trouve une classe spéciale : l'Advanced Technological development department, Educational development Class. Les élèves de l'A-TEC travaillent après les cours au développement de prototypes de fusées. Cette équipe de jeunes prodiges est dirigée par un Kaito SERA, professeur principal et génie de l'ingénierie. Quand un nouvel élève transféré dans cette classe est kidnappé en plein milieu de son voyage vers Mars, Kaito et ses étudiants se lancent dans une mission de sauvetage.