Il y a de cela deux cents ans, trois familles ont décidé d'unir leurs pouvoirs pour atteindre l' « autre côté du monde ». Les Einzbern, Les Makiri et les Tôsaka. Ils unissent leurs forces et leurs connaissances secrètes pour recréer le Saint Graal et fabriquer le « Récipient ultime ».

Cependant ce calice ne peut réaliser le vœu que d'un seul être humain. La collaboration entre les magiciens se transforme alors en conflit violent et sanglant.

Après trois défaites consécutives dans sa conquête du Saint Graal, la famille Einzbern est bien décidée à vaincre cette ultime bataille. Elle engage le redoutable Emiya Kiritsugu, plus connu sous le nom de Tueur de Mages, et lui confie une relique qui lui permettra d'invoquer le plus puissant des Servants parmi les Esprits héroïques : Saber...