Makoto est un lycéen tout à fait banal. Un jour sa petite soeur lui demande d'aller chercher un livre à la bibliothèque. Makoto choisi alors le livre d'Alice au Pays des Merveilles. Mais à ce moment là, il se fait aspirer par le livre, et se retrouve dans le monde d'Alice. Mais chose surprenante, il se retrouve à la place d'Alice. Mais on retrouve cette dernière sous forme d'esprit à l'intérieur de Makoto. C'est alors que débute les aventures de Makoto.