Jun est un jeune garçon qui a décidé de ne plus aller à l'école et de rester enfermer chez lui. Pour passer le temps il commande des choses par correspondance. Un jour il reçoit un drôle d'email qui l'informe qu'il est le gagnant d'une poupée à forme humaine. Lorsqu'il reçoit la poupée, Rozen Maiden Shinku, elle prends vie et déclare que Jun doit devenir son serviteur si il souhaite continuer à vivre. Au même moment ils se font tout les deux attaquer. Shinku semble dotée d'étranges pouvoirs et depuis son arrivée d'étranges événements se passent autour de d'eux.