L’histoire se passe 2 ans après que le Major Kusanagi Mokoto, ait démissionné de la Section 9, qui a pour objectif la sécurité publique. Les anciens membres de la république de Siak (Indonésie) qui ont trouvé l’asile politique au Japon, se suicident chacun leur tour.

La Section 9 y voit le travail d’un terroriste qui se fait appeler « Le Marionnettiste » ayant la capacité de manipuler les cyber-cerveau en les hackant.

En parallèle, on dénombre durant les deux années écoulées plusieurs milliers d’enlèvements d’enfants. Batô et l’équipe de la Section 9 dirigés maintenant par Togusa mènent l’enquête. Chose étrange, Kusanagi Mokoto y semble être mêlée…

Qui est le Marionnettiste ? Quelles sont ses motivations ? Que s’est-il passé durant les 2 années d’absence du Major ? Que recherche le Major Kusanagi ?

Autant de questions qui y trouvent réponses dans cette enquête effrénée !