Les sorcières du passé, de l’avenir et du monde entier ont disparu.
À la place, des spectres dévoreurs d’émotions humaines font leur apparition, semant la terreur en ville.
Une nouvelle mission pour les Puella Magi, qui vont devoir utiliser leurs pouvoirs magiques pour tenter de les éradiquer, alors que les relations qui les unissent semblent se dégrader...

Même sans elle, le combat continue…

Cette histoire se situe entre la fin de l'histoire principale de Puella Magi Madoka Magica et le troisième volet de la saga animée, Rebellion.
Ce ne sont plus des sorcières, mais des spectres que les magical girls vont devoir terrasser.