Aux travers des siècles, l'histoire de Faust est devenue une légende.

Cependant, le vrai Faust n'est pas l'homme connu de l’histoire, mais une femme charismatique nommée Johanna Faust.

À la recherche des parties du corps de son serviteur, Méphistophélès, disséminés à travers le monde, Johanna arrive dans une ville de province où elle sauve Marion, un jeune garçon, poursuivi pour vol de livres.

Johanna lui propose d’être son professeur en échange d’une simple faveur : l’aider à pénétrer dans une église…

Le jeune garçon intrigué par le docteur Faust accepte. Ainsi commence l'étrange et merveilleuse aventure de Frau Faust !