L'histoire tourne autour de Nyarlathotep, la divinité du chaos, qui arrive sur Terre sous les traits de Nyaruko, sauvant un jour un jeune lycéen, Yasaka Mahiro et tombe immédiatement amoureuse de lui. Au fur et à mesure, nos deux protagonistes vont rencontrer d'autres extra-terrestres, entre autres Cthugha, qui se fait surnommer Kuko, follement amoureuse de Nyaruko, et la grande divinité du vent Hastur, dit Hasuta, qui lui est amoureux de Mahiro.